Sélectionner une région d’intérêt dans une pile d’images peut se faire en utilisant le module « Crop editor » (il existe également une fonction « Extract Subvolume » qui n’est pas décrite ici). Le module Crop Editor permet d’afficher une fenêtre interactive afin de placer manuellement les contours de la région d’intérêt que l’on souhaite conserver. Lorsque l’on modifie cette fenêtre, les valeurs des indices min et max sont mis à jour automatiquement. Il existe également un bouton « Autocrop » qui permet de supprimer les slices sur les bords contenant uniquement des pixels dont les niveaux de gris sont inférieurs à un seuil donné.
Il est plus simple de travailler en vue « orthographic » plutôt que « perspective »
/!\ La sélection s’effectue sur la pile d’images, une fois que la sélection est appliquée, on ne peut pas revenir en arrière /!\
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Selection d’une région d’intérêt avec Amira :
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Sélection d’une région d’intérêt avec Avizo :
Les éléments utilisés dans la vidéo :
Ouvrir une série d’images : « Open Data »
Afficher le module de découpage : « Crop Editor »
Enregistrer la sélection : « Save Data as… »